在公司入职时签个人不同意缴纳公积金，现在公司和市政府都说了只要你签了公司就不会补缴的！

这是一个比较复杂的情况,需要从多个角度来考虑:

1. 根据《中华人民共和国公积金管理条例》,企业和个人都有义务缴纳公积金。所以原则上,企业和个人都不能通过签署协议等方式免除缴纳公积金的义务。这种个人不同意缴纳公积金的协议,在法律上不具有效力。

2. 但是,如果当时个人真的签署了不同意缴纳公积金的书面文件,并且企业也没有实际为个人缴纳公积金,那么多年后要追缴可能会存在疑难。因为相关单位可以认为当时已经得到个人的书面确认,且事实上也没有为其缴费,现在追缴不太公平。

3. 不过,个人作为劳动者,也享有公积金制度赋予的权利。多年后,个人也可以根据相关法律规定,要求企业补缴未缴的公积金费用。在这种情况下,只要个人能提供入职时应该缴纳公积金的证明,企业就有责任为其缴纳公积金,包括追缴多年未缴的部分。

4. 如果出现纠纷,个人可以向劳动仲裁委员会或法院提起诉讼,要求确认企业需为其缴纳公积金,包括追缴历史欠费。企业可能需要根据具体情况承担部分或全部责任。但如果个人当初确实签署的书面文件比较明确,企业也可以据此抗辩。

所以,个人不同意缴公积金的协议效力存疑,个人仍有权利要求企业为其缴纳和追缴公积金。但如果当初签署文件比较明确,也会对个人的诉讼请求产生一定影响。这需要看具体的情况进行判断。个人应该积极主张自己的权利,同时也要准备相关证据以支持自己的主张。