样品同一处理，做微生物多样性测序，会有共有的ASV序列吗

微生物多样性测序,特别是针对16S rRNA基因的测序,会产生ASV(Amplicon Sequence Variant)序列,这些ASV序列中会包含共有的序列。这是因为:

1. 不同微生物的16S rRNA基因在evolution上具有一定的保守性和相似性,部分序列片段会是相同的。这会导致在ASV分类过程中,这些相同的序列片段被分为同一个ASV。

2. 样品处理和测序过程中会出现一定的交叉污染,使得不同微生物的16S rRNA片段被错误的划分入同一个ASV中。尽管样品处理过程采用严格的质控措施可以最大限度减少交叉污染,但很难完全避免。

3. 测序读取存在一定的误差率,如插入删除(indel)和错义突变。这些误差也会造成不同微生物的16S rRNA序列被错误的归为同一个ASV。

4. 一些真实存在的微生物,其16S rRNA序列天然就非常相近,难以通过ASV分类工具进一步区分,这也会产生共有的ASV。

因此,做微生物多样性测序,尤其是16S rRNA测序,产生的ASV结果中会包含一定数量的共有ASV序列是正常的现象。但是,通过提高样品处理质量,选择更高分辨率的ASV分类工具,参考更长的16S rRNA序列(如V4区以外的其他区域),可以最大限度的减少共有ASV的数量,提高ASV分类的准确度。

总之,微生物多样性测序ASV结果中的共有序列在一定程度上是难以完全避免的,但采用高标准的实验操作流程和分析方法可以显著改善结果的精度。